Если Вы не доверяете врачу, лучше вообще у него не лечиться. Нужна ли Вам конкретно физиотерапия, я заочно сказать не могу.
На фоне проводимого лечения сдавать анализы безсмысленно. Не менее, чем через месяц после приёма последнего антибактериально препарата, сдайте сперму на бакпосев и ИППП.