В ходе процедуры ребенок получает небольшую дозу лучевой нагрузки. Эффективная лучевая нагрузка при выполнении микционной цистоуретрографии пациенту 5-10 лет составляет 1,6 мЗв, что эквивалентно облучению естественного фона Земли, которое ребенок получает за 6 месяцев. Для новорожденных доза составляет 0,8 мЗв: это количество примерно равно объему естественного облучения за 3 месяца. Как правило, польза исследования превосходит возможный риск от лучевой нагрузки. Для снижения ее уровня используются современные аппараты, уменьшается количество снимков и применяются специальные защищающие накладки на половые органы. Другим возможным фактором риска, встречающимся очень редко, является возможная аллергическая реакция на вводимое контрастное вещество.