Здравствуйте, Виктор!
Самое главное на приеме у врача говорить правду и ничего не скрывать.
Да, конечно, антибиотики могут убивать полезные бактерии. Если назначат атибиотики, то обязательно порекомендуют и препараты, нивелирующие их побочное действие.
С уважением, Констанин В. Головченко.