Лечение интерстициального цистита индивидуально для каждого больного и в первую очередь в основе лечения интерстициального цистита лежит диагноз и специфический комплекс симптомов. Другие патологические состояния, такие как  спазм тазовых мышц,  могут быть причиной болей и нуждаться в лечении наряду с патологией мочевого пузыря. Лечение, вследствие этого очень вариабельно.

Лечение интерстициального цистита может включать: 

• изменение диеты, изменение образа жизни,
• фитотерапию,
• акупунктуру,
• антибактериальную терапию,
• инстилляции в мочевой пузырь,
• противовоспалительную терапию,
• обезболивающие,
• альфа-блокаторы,
• спазмолитические препараты,
• препараты, расслабляющие скелетную мускулатуру,
• антигистаминные,
• ингибиторы связывания  (многие вещества  этой группы обнаруживаются при невропатических болях),
• лечение антидепрессантами (многие вещества  этой группы обнаруживаются при невропатических болях),
• «атипичные опиоиды», наркотические препараты (в основном выписываются по рецепту в центре, занимающемся тазовой болью),
• инстилляции препаратов непосредственно в мочевой пузырь (называются « внутрипузырная терапия»). Препарат Уро-Гиал — при внутрипузырном применении восстанавливает гликозаминогликановый слой мочевого пузыря, стабилизирует воспалительные и аутоиммунные изменения в уротелии, обладает бактерицидным действием в отношении E.coli и P.aeruginosa. 50 мл раствора вводится 1 раз в неделю — всего 5–8 инстилляций. Стерильный катетер и шприц — в одной упаковке с препаратом.
• физическая терапия, инъекции в триггерные точки аффекторных групп мышц,
• блокада нервов, нейромодуляция (не утверждена FDA (управление по контролю за качеством еды и лекарств) при интерстициальном цистите, но разрешена при синдроме гиперактивного мочевого пузыря),
• инъекции ботулотоксина в тазовое дно (ботулотоксин не разрешен FDA для данных целей),
• введение уретральных суппозиториев,
• фульгурация — разрушение (коагуляция  с помощью лазера или электрокаутеризации) патологически измененных тканей мочевого пузыря,
• хирургическая реконструкция — аугментационная цистопластика.