Лапароскопия почки  начинается с правильного расположения пациента на операционном столе. Чаще всего пациенты лежат на боку: при операции на левой почке – на правом боку, при оперативном вмешательстве на правой почке – на левом боку. Для удобства пациентов, а также чтобы предотвратить повреждение нервов используют специальные приспособления. Также следует избегать переразгибания суставов, так как это может привести к повреждению нервов. До лапароскопии почки в мочевой пузырь вводят катетер, а для профилактики образования тромбов (кровяных сгустков) ноги бинтуют эластичными бинтами. Дополнительно, в полость живота вводят трубку для декомпрессии  и предотвращения случайных травм.

Как только пациент должным образом расположен на операционном столе, лапароскопическая операция на почке начинается. Сначала в брюшную полость нагнетают углекислый газ, который позволяет увеличить рабочее пространство. Существуют два основных метода введения углекислого газа в полость живота. Один из них называется техникой иглы Вереша: при этом методе небольшую иглу вводят непосредственно в брюшную полость, используя анатомические ориентиры для  правильного расположения иглы. Расположение иглы проверяют посредством аспирации шприцем, чтобы гарантировать, что игла не попала в кровеносный сосуд или в кишечник, а затем вводят небольшое количество физиологического раствора. Если физиологический раствор легко попадает в брюшную полость, значит, игла установлена правильно.  К игле подсоединяют источник углекислого газа и раздувают живот.

Альтернативный метод называют открытой методикой  Hassan. Этот метод состоит в создании небольшого разреза кожи, затем рассекают ткани под кожей, чтобы непосредственно визуализировать брюшину. Как только брюшина становится видна, выполняется небольшое отверстие, под визуальным контролем вводится троакар и вводят воздух. У обеих методик есть преимущества и недостатки, но если они выполнены правильно, то оба метода безопасны и эффективны.

Состояние, когда в брюшную полость введен газ, называется пневмоперитонеум. Через троакар в брюшную полость вводят лапароскоп. Как только органы брюшной полости становятся видны, в брюшную полость дополнительно вводят два или три троакара в зависимости от типа лапароскопии почек  или предпочтений хирурга. Кроме того некоторые хирурги используют ручной порт, который представляет собой приспособление, позволяющее хирургу вводить руку в область операции, не вызывая снижения концентрации газа (лапароскопические операции hand-assist).

Как только все троакары введены, выполняют доступ к почке. Для лапароскопии на почке существует большое разнообразное количество инструментов доступных урологу, включая ножницы, зажимы, отсосы и ирригаторы, монополярные и биполярные электрокоагуляторы, Harmonic Scalpel® (Ethicon Endo-Surger, Цинциннати, Огайо), который использует высокочастотную вибрацию, чтобы разрезать и прижигать ткани, а также устройство Ligasure ™  (ValleyLab, Boulder, CO), которое плавит ткань и кровеносные сосуды.

Лапароскопия почки может также выполняться при помощи автоматизированной хирургической системы daVinci®. В роботизированной системе используется устройство с тремя или четырьмя «руками», которые соединяются со специальными троакарами, введенными в полость живота. Существует множество инструментов, которые могут быть подсоединены к «руке», каждая управляется камерой. Хирург управляет роботом из отдельной комнаты при помощи пульта совместно с помощником, который находится у кровати пациента. Роботизированные системы имеют больший диапазон движений по сравнению с традиционными лапароскопическими инструментами, облегчая некоторые манипуляции.