Лапароскопическая нефрэктомия, то есть полное удаление почки пациента, является первой лапароскопической операцией на почках. В настоящее время лапароскопическая нефрэктомия остается наиболее частой лапароскопической операцией  на почках. Полное лапароскопическое удаление почки (нефрэктомия) выполняется по многим причинам, но наиболее частыми показаниями являются: опухоль почки, полное нарушение функции почки вследствие обструкции, что может быть причиной болей и/или воспаления, или, если пациент является донором для родственной пересадки почки. Перед лапароскопической нефрэктомией обычно выполняют компьютерную томографию (КТ) или магнитно-резонансную томографию (МРТ) брюшной полости и таза для того, чтобы помочь хирургу понять анатомические особенности пациента, а также расположение и количество кровеносных сосудов, идущих к почке (в норме – одна артерия и одна вена). Для того, чтобы осуществить доступ к почке необходимо мобилизовать толстую кишку, которая расположена над почкой. Как только кишка мобилизована, выделяют мочеточник, в норме расположенный сбоку от гонадной вены, и пересекают его около нижнего полюса почки.

Дальнейший ход лапароскопического удаления почки зависит от того какую почку удаляют – правую или левую. Верхний полюс правой почки прилегает к печени, средняя часть правой почки – к нижней полой вене и двенадцатиперстной кишке (часть тонкого кишечника), а также здесь находятся почечная артерия и вена (так называемые ворота почки). Как только ворота почки выделены, сосуды перевязываются, обычно – сначала артерия, а затем вена, и пересекаются. Это может быть выполнено при помощи хирургических скрепок, швов или сшивающего инструмента в зависимости от выбора хирурга. Как только кровеносные сосуды перевязаны, почка полностью выделена и мобилизована.

Техника лапароскопической нефрэктомии слева аналогична. За исключением выделения верхнего полюса левой почки, который прилегает к селезенке. Также необходима осторожность при выделении ворот левой почки, так как есть опасность повреждения расположенной рядом поджелудочной железы. Кроме того левая почечная вена имеет больше ветвей по сравнению с правой почечной веной, поэтому при ее пересечении существует опасность повреждения надпочечниковой, поясничных и гонадной вен. Во время нефрэктомии по поводу опухоли больших размеров или опухоли, расположенной в верхнем полюсе почки, вместе с почкой может быть удален и надпочечник. Обычно в ходе лапароскопического удаления почки также удаляют жировую клетчатку, расположенную вокруг почки.

Существует несколько методов извлечения удаленной почки из брюшной полости пациента. Если хирург использовал ручной порт (hand-assist), то почку удаляют через него. Альтернативный метод извлечения почки  – это выполнение небольшого разреза, как при кесаревом сечении, который называется разрез по Пфанненштилю. Этот разрез производится внизу живота, при этом не повреждается большой массив мышечной ткани, поэтому менее выражен болевой синдром и меньше косметический дефект по сравнению с боковыми разрезами при открытой операции по удалению почки.

Также для извлечения почки иногда используют небольшой вертикальный разрез по средней линии в нижнем отделе живота. У женщин для извлечения почки выполняют небольшой разрез во влагалище, этот метод называется извлечение через естественные отверстия.

Альтернативой удаления целой почки является ее морцеляция. Морцеляция – это процесс, при котором удаленную почку помещают в мешочек и разбивают на мелкие части, которые затем удаляют через один из троакаров. Морцеляция позволяет извлечь почку через очень маленький разрез, но может помешать патологу провести гистологическое исследование и определить тип опухоли почки.  Лапароскопическая нефрэктомия у доноров почки проходит аналогично, за исключением выделения почечных сосудов на возможно большую длину, так как они необходимы для подключения почки к сосудам реципиента (получателя почки). Кроме того в отличие от нефрэктомии при раке почки или при нефункционирующей почке, во время которых удаляют почку и окружающую ее жировую клетчатку, донорская почка удаляется с небольшим количеством клетчатки, что обеспечивает более легкое ее извлечение.

Лапароскопическая нефрэктомия при хроническом воспалении почки может быть затруднена из-за обширного воспалительного процесса вокруг почки. Во многих случаях воспалительных заболеваний почек, связанных с камнями и обструкцией, также известной как ксантогранулематозный пиелонефрит, могут возникнуть трудности при мобилизации мочеточника и кровеносных сосудов почки, что требует особого внимания хирурга.