В этой ситуации необходима антибактериальная (при условии отсутствия обструкции камнем верхних мочевых путей) и противовоспалительная терапия. Следует выполнить посев мочи на микрофлору и подобрать антибиотики исходя из его результатов.
Не факт, что проблема в почках.
Немного добавлю: посев мочи на флору следует выполнить только в том случае, если в анализе мочи будут увеличено количество лейкоцитов и/или будут присутствовать бактерии.