боли в половом члене могут быть следствием достаточно серьёзных процессов- кавернозного фиброза, могут быть иррадиирующими из других отделов урогенитальной системы - при воспалительном процессе в простате, семенных пузырьках. Сделайте  УЗИ полового члена, ТРУЗИ простаты, семенных пузырьков, сделайте бакпосев спермы,  анализ уретрального мазка на ИППП(ПЦР). С результатами надо смотреть очно. Можете посетить андролога в  - отделение андрологии оснащено  необходимым оборудованием.