Добрый день!
Теоретически любая инфекция в такой концентрации (10 в 5 степени) может быть причиной воспаления уретры (губок уретры). По поводу болей в почек - это маловероятно, но тоже возможно. Вам надо посетить уролога на очном приеме, пройти дополнительное обследование (как минимум УЗИ мочевыводящих путей).
Удачи!