Андрей, я понимаю, что ситуация затянулась и вызывает у Вас дискомфорт, особенно после неудачного курса антибиотиков и ухудшения самочувствия. По описанию - жалобы действительно похожи на воспалительный процесс в уретре, но без уточняющих обследований сейчас сложно говорить о причине и, главное, о правильной тактике лечения.

Enterococcus faecalis в мазке - это бактерия, которая может присутствовать в мочеполовой системе, но далеко не всегда она вызывает воспаление уретры, особенно если нет других подтверждающих данных. Кроме того, лечение только по одному результату мазка, без оценки чувствительности к антибиотикам и без исключения других возможных причин (например, инфекции, передающиеся половым путем), часто не приводит к успеху и может даже усугубить ситуацию, как в Вашем случае. 

Назначать препараты вроде Уро-Ваксома, Фурагина или Нитроксолина без точного диагноза я не рекомендую. Эти средства имеют свои показания, и их эффективность зависит от конкретной ситуации. Например, Уро-Ваксом применяется для профилактики рецидивирующих инфекций мочевого пузыря, а не для лечения уретрита. Фурагин и Нитроксолин - препараты для лечения инфекций мочевыводящих путей, но их назначение требует подтверждения чувствительности возбудителя, иначе толку от них не будет.

Сейчас самое разумное - не экспериментировать с новыми препаратами, а пройти дообследование. Рекомендую сдать ПЦР-анализы на основные инфекции, передающиеся половым путем (хламидии, гонококк, микоплазмы, уреаплазмы, трихомонады, герпес), сделать посев мочи и/или отделяемого уретры с определением чувствительности к антибиотикам, а также, если есть возможность, провести исследование секрета простаты. Это даст понимание, есть ли инфекция, какая именно, и чем её можно лечить.

Понимаю, что после предыдущего опыта есть опасения по поводу антибиотиков, но без точной диагностики можно только навредить. Если самочувствие ухудшается, появляются выраженные боли, температура, задержка мочи - не затягивайте, обратитесь к урологу очно. Если ситуация стабильна, начните с обследований, а уже по их результатам можно будет подобрать лечение, которое действительно поможет.

Если есть возможность, приложите копии или фото предыдущих анализов и заключений - это поможет быстрее разобраться в ситуации.