Здравствуйте, Антон!
Сделаю сразу ремарку: трихомониаз должен лечить ВЕНЕРОЛОГ, а не уролог.
1. При обычной микроскопии трихомонады выявить сложно, но можно. Часто бывают лабораторные ошибки, поэтому Вас доктор и направил на ПЦР. При бактериальном посеве трихомонаду выявить невозможно, надо делать специальный посев. ИФА на трихомонаду малочувствителен.
2. ПЦР один из точных анализов. Ему можно верить.
С уважением, Константин В. Головченко.