Здравствуйте, Артем!
Ограничение углеводов не влияет на качество спермы. В организме белки, жиры и углеводы могут перходить друг в друга.
У Вас, вероятнее всего, причиной изменений в спермограмме являются какие-то гормональные отклонения, которые привели, в том числе, и к избытку массы тела.