Лечение заочно не комментируют.
В анализе мочи увеличено количество лейкоцитов, эритроцитов и белка. Вероятнее всего, это связано с воспалением мочевых путей. Следует исключать пиелонефрит, гломерулонефрит, цистит, вульвит и т. п.
При УЗИ часто не выявляют патологии.
1. Нет, это вряд ли может повлиять.
2. Это может быть связано с беременностью.
В любом случае, Вашей супруге следует выполнить повторный анализ на сифилис (лучше всего комбинацию из нескольких реакций, например, RPR, ИФА и TPHA).