Наличие комочков и сгустков в сперме не явлется патологией.
Боль при эякуляции может быть признаком везикулита и/или простатита. Вам показано обследование у уролога (четырехстаканная проба, мазок из уретры на половые инфекции, трансректальное ультразвукоое исследование).
Насчет прыщиков на члене: сделайте качественное фото и перешлите мне на почту (consmed@bk.ru), прокомментирую.