Мнение CDC - Center for Desease Control, крупной правительственной организации США по контролю за заболеваемостью:
"Treatment is directed to the macroscopic (i.e., genital warts) or pathologic (i.e, precancerous) lesions caused by infection. Subclinical genital HPV infection typically clears spontaneously, and therefore specific antiviral therapy is not recommended to eradicate HPV infection. In the absence of lesions, treatment is not recommended for subclinical genital HPV infection whether it is diagnosed by colposcopy, acetic acid application, or by laboratory tests for HPV DNA. Treatment also is not recommended for cervical intraepithelial neoplasia 1 (CIN1)."
Оригинал здесь: http://www.cdc.gov/std/treatment/2010/STD-Treatment-2010-RR5912.pdf
Краткий перевод: в лечении нуждаются только лица с продуктивной симптоматикой - при наличии генитальных бородавок или (у женщин) предраковых поражений гениталий . Субклинические варианты проходят сами по себе, не рекомендована специфическая противовирусная терапия.

Ответ совсем просто - лечения, кроме хирургического удаления всего неправильного - никакого.