Добрый день!
1. Концентрация стафилококка, да и еще эпидермального, невысока, и вряд ли может быть причиной проблем с мочеиспусканием.
2. Сделайте УЗИ почек и мочевого пузыря, еще раз сделайте посев мочи на флору.
3. Проконсультируйтесь у терапевта и пройдите обследование по поводу температуры и болей в мышцах, сдайте общий анализ крови с формулой.
Ситуация непростая, надо разбираться планово. С уважением.