Хронический пиелонефрит носит в Вашем случае вторичный характер, т. е. он развился на фоне нейрогенного мочевого пузыря с связанного с этим нарушением оттока мочи из почек. Чтобы сказать, какое нужно лечение, надо смотреть R-снимки и результаты всех других обследований.