Уважаемая Ольга! На мой вгляд, в Вашем случае не проведено должного обследования ребенка. Если это невозможно в Вашем городе, то ребенка должны были отправить на консультацию детского уролога в специализированный детский диагностический центр (сейчас они есть во всех крупных городах).
Если ставят вторичный пиелонефрит, то ЧТО тогда первично - мочекаменная болезнь, аномалия мочевыводящих путей и т.д.? Для уточнения надо выполнить ОАК, ОАМ, посев мочи на флору и чувствительность к антибиотикам, УЗИ почек и мочевого пузыря, экскреторную урографию с микционной цистографией, биохимический анализ крови (креатинин и мочевина).
Когда будет выяснена причина вторичного пиелонефрита, тогда можно будет вести речь о грамотной терапии.
Удачи.